Δώδεκα ομάδες δήλωσαν συμμετοχή στο 39ο Κύπελλο Ελλάδος Ανδρών, το οποίο θα διεξαχθεί σε τρεις φάσεις, την Α’ φάση (20/4/2021), την Β’ φάση και το Final-4.
Οι ομάδες που δήλωσαν συμμετοχή είναι οι: ΑΕΚ, ΑΣΕ Δούκα, Διομήδης Άργους, Ιωνικός ΝΦ, HC Σαλαμίνα, Άρης Νικαίας OlympicDiagnostikc (Νότος), ΠΑΟΚ, Φίλιππος Βέροιας, Φαίακας Κέρκυρας, ΑΕΣΧ Πυλαίας, Ζαφειράκης Νάουσας, BiancoMonte Δράμα (Βορράς)
Στη Α’ φάση οι ομάδες θα τοποθετηθούν βάσει γεωγραφικών κριτηρίων Βορράς – Νότος. Οι 6 ομάδες από κάθε όμιλο μετά από κλήρωση, θα σχηματίσουν 2 ζευγάρια, ενώ δύο ομάδες από κάθε όμιλο θα προκριθούν άνευ αγώνα.
Στη Β’ φάση (πάλι με γεωγραφικά κριτήρια) οι νικήτριες ομάδες από την Α’ φάση και 2 που θα προκριθούν χωρίς αγώνα μετά από κλήρωση θα σχηματίσουν δύο ζευγάρια ανά όμιλο και οι νικητές θα προκριθούν στο Final-4.
Ο Κυπελλούχος Ελλάδος θα συμμετάσχει στο «ΕHF European Cup» της επόμενης περιόδου. Στην περίπτωση που Κυπελλούχος Ελλάδος αναδειχθεί ο πρωταθλητής τότε η φιναλίστ ομάδα του τελικού του Κυπέλλου θα πάρει το ευρωπαϊκό εισιτήριο και αν το ζευγάρι του τελικού είναι ο πρωταθλητής και ο δευτεραθλητής τότε στην Ευρώπη θα βγει η τέταρτη ομάδα της Handball Premier 2020-2021.
