Στις αρχές του περασμένου αιώνα για τους κατοίκους της πόλης, όπως και για όλους τους Μακεδόνες, αρχίζει μια νέα δοκιμασία. Οι Μακεδόνες που ζουν με την ελπίδα της απελευθέρωσης στα 1903 «μπλέκονται» σε ένα βρώμικο και τριμέτωπο αγώνα. Αρχίζει ο ΜΑΚΕΔΟΝΙΚΟΣ ΑΓΩΝΑΣ. Οι Μακεδόνες έχουν να αντιμετωπίσουν εκτός από τους Τούρκους κατακτητές και τους Βούλγαρους που με την ανοχή αλλά και τη βοήθεια των πρώτων, δρουν στη Μακεδονία σκορπώντας το φόβο, το θάνατο και την καταστροφή από όπου περνούν. Σε αυτούς προστίθεται και το Ρουμανικό Κομιτάτο και όλοι αυτοί δημιουργούν μια κατάσταση αφόρητη την οποία καλείται να αντιμετωπίσει μια νέα Φιλική Εταιρεία με το όνομα «ΕΘΝΙΚΗ ΑΜΥΝΑ» που ανέλαβε να μυήσει τους Μακεδόνες στην απόφαση αυτή του Έθνους.
Με ταχύτητα και μεγάλη μυστικότητα γίνεται η μύηση και σε μικρό χρονικό διάστημα ιδρύεται στη Βέροια το «Εθνικό Κομιτάτο» με πρόεδρο τον πρόκριτο της πόλης Αναστάσιο Σιορμανωλάκη, γιο άριστης οικογένειας με πολλά προσόντα, που έστησε το αρχηγείο του στο κτήμα του στο Μικρογούζι (Μακροχώρι).
Στο σπίτι του Εμμανουήλ Χριστοδούλου έγινε η πρώτη συγκέντρωση στην οποία πήραν εκτός από τον πρόεδρο οι έμποροι της πόλης Κ. Μαλούτας, Μ. Καρακωστής, Ε. Χριστοδούλου, Α. Παπαδήμος και Π. Χριστοδούλου, οι γιατροί Δ. Τούσας και Ε. Βελτσίδης, ο καθηγητής Χ. Ιωαννίδης, οι δάσκαλοι Α. Τσικερδάνος και Ε. Ζάχος και ο φραγκοράπτης Ε. Φουντούκας. Το ταμείο ανατέθηκε στον Α. Αντωνιάδη και ο Αρχιμανδρίτης Αμβρόσιος όρκισε τα μέλη του κομιτάτου, πυρήνας του οποίου ήταν η συνοικία του Αη-Γιάννη.
Ελληνικά ανταρτικά σώματα με Μακεδόνες οπλαρχηγούς και αξιωματικούς από τη Νότια Ελλάδα αρχίζουν τον αγώνα στην περιοχή και κυρίως στη λίμνη των Γιαννιτσών, γνωστή την εποχή εκείνη σαν «Βάλτος».
Στην τοποθεσία Ζάτφορο του βάλτου οι Βεροιώτες δάσκαλοι Κωνσταντίνος και Στέφανος Βαφείδης υποδέχθηκαν το πρώτο ανταρτικό σώμα που έφθασε στη Μακεδονία. Στη συνέχεια ο Κωνσταντίνος Βαφείδης διορίστηκε από το προξενείο Θεσσαλονίκης σαν επόπτης των ανταρτικών σωμάτων που δρούσαν στην περιοχή της Καρατζόβας. Ο Στέφανος Βαφείδης πάλι υποδεχόταν στο Μικρογούζι (Μακροχώρι) τα ανταρτικά σώματα και τα διευκόλυνε να φτάσουν στη Νάουσα.
Εκτός από τους παραπάνω δασκάλους κι άλλοι συνάδελφοι τους πήραν μέρος ενεργά στον αγώνα με κίνδυνο μάλιστα πολλές φορές την ίδια τους τη ζωή. Ανάμεσα τους:
Ο Εμμανουήλ Ζάχος γεννήθηκε στη Βέροια το Μάη του 1860 και πέθανε το 1924. Μετά τις γυμνασιακές σπουδές στη γενέτειρα του με προτροπή του τότε Μητροπολίτη Προκόπιου και τη συγκατάθεση του Ελληνικού Προξενείου στη Θεσσαλονίκη μπήκε στο Διδασκαλείο. Μετά τριετή φοίτηση διορίσθηκε δάσκαλος στη Βέροια. Με την έναρξη του Μακεδονικού Αγώνα ο Πρόξενος Λάμπρος Κορομηλάς του ανέθεσε εμπιστευτικά καθήκοντα. Δρούσε με το ψευδώνυμο Ιωαννίδης. Στο σπίτι του φιλοξενήθηκαν - πάντα κρυφά - πολλοί καπεταναίοι όπως ο Καπετάν Κόρακας που έμεινε για 3 ημέρες τον Ιούνιο του 1908. Το ίδιο χρονικό διάστημα μέρος του σώματος του Καπετάν Κόρακα έμενε στο Μελέτειο Σχολείο της πόλης.
Η επίσημη Ελλάδα του απένειμε το δίπλωμα του Μακεδονομάχου και το μετάλλιο του Μακεδόνικου Αγώνα. Η γενέτειρα του τον τίμησε τοποθετώντας προτομή του σε πάρκο στη Λ. Ανοίξεως ενώ μια οδός της πόλης φέρει το όνομά του.
Ο Αντώνιος Τσικερδάνος ήταν αναπληρωτής του αρχηγού του Κέντρου. Βρισκόταν σε συνεχή επαφή με τους οπλαρχηγούς και διαβίβαζε διαταγές και οδηγίες.
Ο Κωνσταντίνος Ρέπος ήταν γραμματέας και βοηθός του αρχηγού. Ήταν σύνδεσμος στην περιοχή του Ρουμλουκιού. Μετέφερε σημειώματα στο Γενικό Προξενείο με τα αποτελέσματα των μαχών. Αργότερα πολέμησε επί 4 χρόνια τους Κομιτατζήδες στη λίμνη. Υπήρξε πρόεδρος της Εθνικής Οργάνωσης «Παύλος Μελάς» και τιμήθηκε με τρία μετάλλια και ισάριθμα διπλώματα.
Σημαντική ήταν και η προσφορά των γιατρών της Βέροιας στον αγώνα. Έτσι:
Ο Εμμανουήλ Βελτσίδης έδρασε μέσα κι έξω από την πόλη. Στο Σέλι περιποιόταν άρρωστους και τραυματίες πολεμιστές. Πολλές φορές πήγε να εκτελέσει τα καθήκοντά ου σαν γιατρός και πατριώτης μέσα στις καλύβες των Μακεδονομάχων της Λίμνης όπου η ελονοσία ήταν ο μεγαλύτερος εχθρός των παλικαριών.
Ο Αντώνιος Σμυρλής ήταν δημοτικός και αστυνομικός γιατρός της Βέροιας. Με το πρόσχημα δήθεν αρρώστιας κάποιου προέδρου κοινότητας πήγαινε στο Βάλτο όπου πρόσφερε τις υπηρεσίες του στους έχοντες ανάγκη αντάρτες.
Σημαντική υπήρξε επίσης η βοήθεια που πρόσφεραν στον αγώνα οι:
Ο Μερκούριος Καρακωστής ανέλαβε τη γενική αρχηγία όταν εξόρισαν τον Α. Σιορμανωλάκη. Το σπίτι του ήταν κέντρο φιλοξενίας και υποδοχής αγωνιστών. Η Πατρίδα μας για την πολιτική προσφορά του τον τίμησε με αργυρό Σταυρό των Ιπποτών κι άλλα αναμνηστικά μετάλλια, όπως το Μετάλλιο του Μακεδονικού Αγώνα.
Η Μαριγώ Γκαλίτσου ή Γούτσιου ήταν μοδίστρα την εποχή εκείνη - έραψε μάλιστα και φουστανέλα για τον Καπετάν Αγρα - και στο σπίτι της διανυκτέρευαν ή κρύβονταν αντάρτες. Στα κελάρια του σπιτιού της έκρυβε όπλα και τρόφιμα.
Άλλες γυναίκες που διακρίθηκαν προσφέροντας υπηρεσίες ήταν η Ελένη Μαντά, η Ελένη Γαλίτσιου και η Θεονίτσα Ζαφάρα.
Ο Γεώργιος Καρατζόγλου ήταν σύνδεσμος και τροφοδότης των σωμάτων που δρούσαν πέρα από τον Αλιάκμονα.
Ο Γεώργιος Κατινάς ή Καντάς ήταν ωρολογάς στο επάγγελμα και κουρδιστής του ωρολογίου της πόλης. Στο σπίτι του φιλοξενούνταν διερχόμενοι αντάρτες και στο σπίτι του κατάλυσε όταν ήρθε στη Βέροια για πρώτη φορά ο αξιωματικός του Ελληνικού Στρατού Βασίλειος Σταυρόπουλος (Καπετάν Κόρακας) που στη συνέχεια έδρασε στην περιοχή. Προτομή του Κόρακα στολίζει κυκλοφοριακή νησίδα σε πλατεία της Βέροιας που φέρει και το όνομά του.
Ο Αντώνιος Μπουρδένας ο Κακοσουλιώτης ήταν παλικάρι του Καπετάν Γαρέφη. Υπηρέτησε επίσης στο σώμα του Καπετάν Ακρίτα. Ατρόμητος αγωνιστής από τη συνοικία της Κυριώτισσας (το θρυλικό Κακοσούλι), έδρασε στο Βάλτο και μετά τον αγώνα εγκαταστάθηκε στην Αγυά της Λάρισας όπου του δόθηκε γεωργικός κλήρος σαν αμοιβή για την προσφορά του στον Αγώνα.
Ο Λάζαρος Θεμελής γεννήθηκε στη Βέροια το 1855. Μυήθηκε στον Αγώνα από τον Επαμεινώνδα Γκαρνέτα οπλαρχηγό από τη Νάουσα. Γνώριζε την τουρκική γλώσσα και κατόρθωνε να διατηρεί φιλικές σχέσεις με τις τουρκικές αρχές χωρίς να τον υποψιάζονται. Χάρη στις σχέσεις του με τους Τούρκους πολλές φορές μεσολάβησε και δε φυλακίστηκαν ή δεν κυνηγήθηκαν συμπατριώτες του. Στο σπίτι του στη Βέροια γίνονταν συγκεντρώσεις προκρίτων και μελών της Επιτροπής του Κέντρου Άμυνας.
Μάρκος Κερατσούς - Αθανάσιος Κώστας - Νικόλαος Γεωργίου: και οι τρεις υπηρέτησαν στο σώμα του Μπενή και έλαβαν μέρος στη μάχη κοντά στο Χωροπάνι (Στενήμαχος) τον Ιούνιο του 1906. Στη μάχη οι Κώστας και Γεωργίου σκοτώθηκαν.
Μακεδονομάχοι που πολέμησαν στο Βάλτο και κατάγονταν από τη Βέροια ήταν ακόμη και οι: Θωμάς Μπουρδένας, Εμμανουήλ Γώγος, Εμμανουήλ Πούρης, Αναστάσιος Κατεργάρης, Αργύρης Τσικερδάνος, Μερκούριος Κυράτσους, Νικόλαος Νικολέττας, Αθανάσιος Δραγουμάνος, Γεώργιος Κυράτσους, Αλέξανδρος Σιαφαλέρας, Αντώνης Σουλιώτης, Ευθύμιος Μηλιώτης, Μιλτιάδης Σαμαράς, Αχιλλέας Αντωνίου και Στέφανος Παπαγάλος που από τους πρώτους μπήκε στη λίμνη. Ο ίδιος ήταν υπαρχηγός κι έλαβε μέρος σχεδόν σε όλες τις μάχες κατά των Κομιτατζήδων.
Επίσης έπεσαν σε συμπλοκές και μάχες κατά τη διάρκεια του Μακεδονικού Αγώνα και οι παρακάτω Βεροιώτες: Α. Παπαβασιλείου, Α. Γκαβοπαναγιώτης, Κ Γκουτιός, Δ. Τόσκας, Δ. Δροσοβούδης, Ε. Μπουντσόλας (τάφηκε ζωντανός), Α. Γκαϊτατζής, Δ. Κεχαγιάς, Δ. Περιφανόπουλος, Μ. Ζαφάρας, Παπασταυρής (ιερέας), Δ. Γιουργούλας.
Καταλύματα των ανταρτών στη Βέροια είχαν ορισθεί τα σπίτια των Κ. Σιδέρη, Γ. Τουρώνη, Σ. Σακελλαρίδη, Δ. Και Γ. Κατινά (Κατνά). Στη Θεσσαλονίκη μεταξύ άλλων το ξενοδοχείο «Ολύμπια» του Βεροιώτη Α. Θωμάΐδη.
Τέλος πολύτιμοι συνεργάτες του αγώνα αναφέρονται και οι: Ν. Αντωνιάδης (γιατρός), Δ. Δασκαλόπουλος, Κ. Κύρου, Γ. Σαράφογλου, Δ. Βελτσίδης, Σ. Μυσιρλής, Θ. Αχτσής, Θ. Καλαϊτζής, Γ. Παπαντωνίου, Α. Ζαφάρας, Ε. Κάκκος, Ι. Τσαμήτρος, Ε. Καραμανώλης, Ι Τόλιος, Ι. Γκελίρης, Δ. Τρούμπας, Ν. Καζούρας (μετέφερε τα γράμματα), Α. Κοκορόζος, Ι. Μπαρμπαργύρης, Δ. Καρανάσιος, Ε. Παπαδήμος, Σ. Μανωλάκης και οι «οδηγοί» Καρανάσιος και Τσουκνίδας.
*Από ανέκδοτο έργο του για τη Βέροια